Геймплей «Alien Arena» аналогичен таковому в «Quake III Arena». В игре есть как однопользовательский режим, представляющий сражения с ботами, так и многопользовательская игра. Нахождение интернет-сервера в мультплеере возможно как через меню игры, так и через поставляющуюся с «Alien Arena» программу «Galaxy» (имеется функция «Всевидящее око»). В программе также имеется функция IRC-клиента для обмена сообщениями между игроками.

Физическая модель игры основана на физике «Quake II», поэтому различные так называемые «распрыжки», которые используют игроки во время сражения, работают и в «Alien Arena». Таким образом, из «Quake II» в игру перешли трик-джампы (англ. trick-jump) и стрейф-джампы (англ. strafe-jump), однако есть и трюки, отсутствующие в Quake II, например доджинг (англ. dodging).